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教育部十分重视深圳大学的创办，选派原清华大学副校长、两院院士张维出任首任校长，从北京大学、清华大学等国内名校抽调一批名师担任系主任。学校积极开展高校内部管理体制改革，在实行聘任制、学分制、勤工俭学、后勤社会化等方面作出有益探索。

1995年通过国家首批本科教学合格评价，1996年经国务院学位委员会批准成为硕士学位授予单位。1997年实行学院制，明确了以本科教育为主、积极发展研究生教育的办学思路。2000年确立了从单纯教学型向教学与科研并重型转变的办学目标。