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太医院的最高长官是太医院提点（正五品），下设使，副使，判官等，“掌诸医药，总判院事。”此外，太医院中还设管勾主管医学教育，另还设有各种名称的太医和医官。元代太医院。秩正二品。开始时长官为宣差，后改为尚医监、太医院提点等。其行政隶属于宣徽院。最高长官之下设院使、副使、判官等名目。元代太医院掌管一切医药事务，官员品秩普遍高于任何朝代。明代也设有太医院，其长官初始称作太医院令，后改称院使。明代在北京和南京各设一个太医院，但是北京设置的太医院是最高医药管理机关，设有最高医政长官院使，下设院判。