最佳答案：

主角变成骷髅并且主角是反派的动漫是《骷髅人》。

《骷髅人》简介：

《骷髅人》的故事设定在一个“架空的时代”的“架空的日本”中，故事舞台则是一个在被称为“影之都”的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的“反英雄”未知主角在这个架空的舞台上，在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。