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《法医秦明幸存者》大结局中，轰动一时的凌月案终于告一段落，原来凶手就是严谨，在抓捕严谨的过程中，林涛被他刺伤，幸好秦明及时制住严谨，才让林涛转危为安，诗羽顺利通过实习，和林涛的感情有了进一步发展，秦明和王伶俐之间也收获圆满结局。

该剧根据秦明所著同名小说改编，主要讲述法医秦明、刑警林涛一起联手破获多起错综复杂案件的故事，《法医秦明》的小说曾被翻拍成多部电视剧，与其他影视剧的几集一个案件不同，《法医秦明幸存者》的故事主要围绕一个案件展开。

龙番市再度发生多起连环杀人案，死者都是女性，而且每人都丢失了一个身体器官，随着调查的深入，秦明发现了盛有前女友凌月心脏的玻璃罐，尘封多年的记忆扑面而来，很明显，这次案件所针对的人就是秦明。

凌月是秦明曾经的女朋友，后来被人杀害，丢失了心脏，警察一直未能抓获凶手，这起案件也成了一桩悬案，当案件再度发生时，尘封多年的真相被层层揭开，凌月的死，器官的丢失，凶手的目的等重重谜团也逐渐有了答案。

严谨是秦明的师兄，谁都没想到他会是连环杀人案的凶手，而他杀凌月的原因更是可笑至极，只因凌月在他失意落魄时给予他无微不至的关心，在他爱上凌月时却发现凌月心中只有秦明一人，因此起了杀心。

当年秦明就是因为凌月的死才选择成为法医，如今凌月案已经告破，但对秦明来说，他对法医这份职业已经有了感情，在生活上，他也选择忘掉过去，展望未来，和一直陪伴在自己身边的王伶俐走到了一起。