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在第468话中，神秘的面具男以刚出生的鸣人威胁水门，在水门被迫使出飞雷神之术救走鸣人后面具男掳走了刚刚生产完的玖辛奈，在水门赶到时九尾已经从玖辛奈的体内被拽了出来。在平静的晚上大家都没有察觉到异样，九尾的突然出现让众人猝不及防，村子瞬间一片狼藉，披上火影羽衣的水门现在要行使身为火影应尽的义务，而面具男又找上了他。

水门怀疑“面具男”可能是当年与初代火影交战过的宇智波斑，而且是个极其危险的人物，必须阻止他。在经过两个回合的交手后，水门分析出对手忍术的弱点并制定出克敌之策，使用飞雷神二段并以螺旋丸重创“面具男”，并在“面具男”身上留下了飞雷神术式。随后水门使用契约封印解除了“面具男”对九尾的控制，“面具男”受伤逃走。

在第469话中此时九尾仍然袭击木叶，水门以飞雷神之术将自己和九尾带离木叶村，同时将玖辛奈和鸣人带至现场。水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，水门决定让鸣人成为九尾人柱力。 将九尾的阴属性查克拉以尸鬼封尽和自己一同封印在死神体内，阳属性查克拉则以八卦封印封印到刚出生的鸣人体内，同时把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内。在对鸣人留下最后的遗言后，水门和玖辛奈便双双去世。