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空气微生物是指存在于空气中的微生物。空气微生物是主要的空气浮游生物，是对较干燥环境和紫外线具有抗性的种类，主要有附着于尘埃上从地面飞起的球菌属，形成孢子的好氧性杆菌，色串孢属等野生酵母，青霉等霉菌的孢子等。在低等藻类中也似乎存在。

空气中微生物的种类和数量，随地区、海拔高度、季节、气候等环境条件而有不同。一般在畜舍、公共场所、医院、宿舍、城市街道的空气中，微生物的含量最高，而在大洋、高山、高空、森林、草地、田野、终年积雪的山脉或极地上