外观不同：蜈蚣呈扁平长条形，全体由22个环节组成，最后一节略细小。头部两节暗红色，有触角及毒钩各1对；背部棕绿色或墨绿色，有光泽，并有纵棱2条。百足虫体形呈圆筒形或长扁形，分成头和躯干两部分，头上长有一对粗短的触角；躯干由许多体节构成，多的可达几百节。

特征不同：蜈蚣气微腥，并有特殊刺鼻的臭气，味辛而微咸。脚呈钩状，锐利，钩端有毒腺口，一般称为腭牙、牙爪或毒肢等，能排出毒汁。被蜈蚣咬伤后，其毒腺分泌出大量毒液，顺腭牙的毒腺口注入被咬者皮下而致中毒，毒素不强，被蛰后会造成疼痛但不会致命。百脚虫气味辛、温，有毒，有些无毒。

功效不同：蜈蚣可息风镇痉、攻毒散结、通络止痛、半身不遂、破伤风症、风湿顽痹等。百脚虫可破积解毒、腹中症积、化瘜肉、扁桃体炎等。