第一、 幼年神仙鱼不好区分公母，8～10个月进入性成熟期的成鱼，公母特性却十分明显。公鱼的额头较母鱼发达，显得饱满而高昂。

第二、 从神仙鱼腹部可以区分，神仙公鱼的腹部不像母鱼那么膨胀，有些略显扁平，而母鱼看上去肚大腰圆腹部膨胀的很厉害。

第三、 从生殖器可以区分，神仙公鱼输精管很细而且也很尖，母鱼的产卵管粗而圆。

第四、 成年神仙鱼雄鱼各鳍要比雌性神仙鱼鳍要长。如图右边的公鱼背部鳍坚挺且长，母鱼鳍明显要短很多，公鱼也比母鱼从身形、颜色上来说要好看。