1、定义不同：新三板，即全国中小企业股份转让系统是经国务院批准设立的全国性证券交易场所，简称全国股份转让系统。主板上市又称为第一板上市，是指风险企业在国家主板市场上发行上市。主板市场是指传统意义上的证券市场，是一个国家或地区证券发行、上市及交易的主要场所。

2、交易规则不同：新三板200人限制和投资者限制决定了较低的流动性。另外，新三板企业的股权高度集中，可流通股权比例低。在交易方式上，新三板可以采取协议方式、做市方式、竞价方式或其他中国证监会批准的转让方式。而主板、创业板多采用竞价交易方式，大宗交易采用协议大宗交易和盘后定价大宗交易方式。

3、信息披露不同：新三板信息披露要求低于主板。