密码子的特点：简并性、普遍性和特殊性、连续性、摆动性、实用性等。密码子具有简并性：除甲硫氨酸和色氨酸外，每个氨基酸至少有两个密码子。密码子实用：不同的生物密码子基本相同，即使用相同的密码子。

密码子是指将RNA分子中每三个相邻的核苷酸编成一组，代表蛋白质合成中某种氨基酸的规律。

起始密码：指定蛋白质合成起始密码，分为甲硫氨酸和缬氨酸两种。最常见的起始密码是甲硫氨酸或缬氨酸密码。

停止密码：任何RNA分子都不能正常识别，但它可以被特殊的蛋白质组合，导致新合成的肽链从翻译机上释放出来。

专一性通常一种密码子只决定一种特定的氨基酸终止密码子不能决定氨基酸在原核生物中作为起始密码子的GUG决定的氨基酸是甲硫氨酸而在真核生物中缬氨酸

甲硫氨酸由mRNA上的AUG密码子编码，这个密码子位于开放读框第一位时，也是起始密码子。甲硫氨酸通常位于蛋白质内部，一般不参与酶活性中心的共价催化[8]。

如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。

剑桥大学团队所使用的的方法是对大肠杆菌基因组进行重组，使其从61组密码子中编码维持生命所需的全部蛋白质，而不是自然状态下的64组密码子。按照这一设想，病毒难以在缺失了几组密码子的大肠杆菌内复制，也就无法感染和劫持细胞。

由于生物体用来合成蛋白质的天然氨基酸只有20种，因此除了两种氨基酸（甲硫氨酸和色氨酸）分别由一个密码子决定以外，其他18种氨基酸分别对应2到6个密码子。生物体内的基因正是一段由多种密码子连接起来的“碱基句子”，用来指导一种蛋白质的氨基酸组成和排序。