主要区别在于：GPU不同、基带不同、性能不同。

1、GPU不同：麒麟990E 5G处理器具有和麒麟990 5G处理器相同的CPU配置和时钟速度，但是在GPU方面不如麒麟990 5G，同时采用和麒麟990处理器相同的NPU，还配备5G调制解调器。

2、基带不同：麒麟990 5G处理器内置巴龙5000 5G基带，支持上行速率1.25Gbps和下行速率2.3Gbps，享受到双卡5G带来的乐趣，但是仅支持国内三大运行商中的两个的2G/3G/4G/5G频段。麒麟990则不支持5g。

3、性能不同：麒麟990e5g调制解调器也进行了升级，以支持更多的网络频率，这是麒麟9905g处理器所没有的。