1998年5月4日，时任国家主席江泽民在庆祝北京大学建校100周年大会上代表中国共产党和中华人民共和国中央人民政府向全社会宣告：“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学。”1999年，国务院批转教育部《面向21世纪教育振兴行动计划》，“985工程”正式启动建设。

“985工程”一期建设率先在北京大学和清华大学开始实施。2004年，根据《2003—2007年教育振兴行动计划》，教育部、财政部印发《教育部、财政部关于继续实施“985工程”建设项目的意见》，启动二期建设。