杭州站和杭州东站区别在于位置不同，车站性质不同，杭州东站(高铁站、枢纽站、转运站)、杭州站(客货站、高铁、普铁站)。所在地区不同，杭州站，杭州本地人称“城站”，再下城区。杭州东是指火车东站，在江干区。

杭州东站历史没有杭州站久远，杭州站始建于1906年11月14日(清光绪三十二年)，还称清泰门站，是杭州建成最早的火车站之一。

杭州东站位于杭州市江干区天城路185号，杭州东站始建于1992年4月1日，于2008年12月27日开展改扩建。

2013年7月1日，改造后的杭州东站正式投入使用。2014年1月1日，杭州东站西广场投入使用。