硝化细菌是一类好氧性细菌，包含亚硝酸菌和硝酸菌。可以将它制成硝化细菌改性剂，用于控制养殖水面自生氨浓度，使用时可直接把该剂散布于池中，很快就能发挥除氨的作用。硝化细菌和人类的关系十分紧密，农业上可通过深耕、翻土提升细菌活力，从而增加土壤肥力。在使用硝化细菌时，为了防止净水细菌被消灭，谨记勿与消毒杀菌药物一起使用。

硝化细菌广泛存在于自然环境中。其存活需要水分及氧气，只有同时符合水分与氧气的供应才能存活。在泥土、沙粒、生化棉、陶瓷环等各类有微孔的滤材中更宜于大量繁殖。硝化细菌最适合在弱碱性的水中生活，在温度达到25度左右时生长繁殖最快。

生物脱氮工艺是通过硝化作用和反硝化作用两个过程实现的。硝化作用分为两个阶段，即亚硝化（氨氧化）和硝化（亚硝酸氧化），分别由两类化能自养微生物完成，亚硝化细菌进行氨的氧化，硝化细菌完成亚硝酸氧化，再经反硝化细菌将硝态氮转化为氮气。甘度分享生物脱氮各阶段的控制参数。

这种方案肥出来的水主要以绿藻门和硅藻门的藻类为主。而EM神露中富含乳酸菌、双歧杆菌、光合菌、酵母菌、硝化细菌和反硝化细菌等，多种有益菌类，提供优质天然饵料的同时起到净化水质，保温抗应激等作用。