两个证都属于国家认可的药学专业领域国家级证书，初级是终身有效的，执业需要5年审核一次。初级药师难度较小，执业药师考试非常有难度，取得执业药师的证书，相当于医院的中级职称，可被医院聘用为中级职称的工作，并享受相同待遇。国家规定药店必须聘用相应数量的执业药师。执业药师是准入考试证书，初级药师是职称类的考试。两个都是全国统一考试。药师考试是卫生部门组织的药学职称考试，主要在医院药房等医疗单位从业。执业药师属于药监系统，执业药师考试是人事考试中心负责，主要是在药店等药品经营单位从业。药店等药品经营单位需要执业药师，所以执业药师侧重药店等药品经营单位工作，一般不能作为应聘医院的依据。

初级药师一般是医院工作需要的，主要在医院工作。