《十二传奇》的结局是潘多拉在展览场所揭开了易家的恩怨，解开了透明度被束缚了七年的疑惑，让人感叹不已。剧末，玄光终于与儿媳霍雅君一家团聚，透明恢复了民俗系主任的职位。子博也鼓起勇气向朵拉坦白。朵拉一直喜欢子博，最后两人手拉手成功。

与张居正对立的大臣开始揭发事实，制造舆论，使张居正的形象逐步变得虚伪和毒辣，去世仅仅半年，就已被盖棺定论，归结到最后，就是结党营私，妄图把持朝廷大权，居心叵测云云。如果说万历确有优柔寡断的缺点，他的廷臣却正在勇往直前。清算运动还剩下的一大障碍就是司礼太监冯保，墙倒众人推，冯保的下属出头向皇帝检举，遂下诏宣布了冯保的十二大罪，自此原本的冯张集团已土崩瓦解。