差别如下：

1.方式不同

流放是把已定刑的人押解到荒僻或远离乡土的区域，以对案犯进行惩处。发配要先在死罪减等的罪犯或其它重犯脸上刺字，再押解到边远的地方去服劳役。

2.处罚政策不同

流放：是十分独特的政治现象，被统治者自诩为一种仁慈的刑罚。所谓“不忍刑杀，流之远处”（《大清律例·名例律上》），进而体现了儒家所倡导的仁政和慎刑。

发配：《明史.刑罚志》充军者，明初唯边方屯种，后定制，分极边，烟瘴，边远，边卫，沿海，周边军。